İlmi ve Kültürel Araştırmalar Vakfı için Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından kapatılma istemiyle açılan davanın son duruşması 16.07.2009 günü saat 9.40’da yapıldı. 15.06.2009 tarihli bilirkişi raporunu davalılar objektif ve hukuka uygun bularak itiraz etmezken, davacı vekili Vakıflar Genel Müdürlüğü avukatı Fatma Oflaz rapora itiraz etti. Bilirkişi raporundaki değerlendirmeleri kabul etmediklerini dile getiren Oflaz, bilirkişi raporuna karşı verdiği itiraz dilekçesinde aşağıdaki hukuk dışı iddialarda bulunarak kapatma kararı verilmesini talep etti.
İLKAV Başkanı Mehmet Pamak yaptığı açıklamada, “ideolojik davranmayan, mevcut mevzuatı ve hukuku esas alarak objektif davranan bir mahkemede böyle medya tahrikiyle, hukuk dışı siyasi kaygı ve hesaplarla açılan bir davanın redle sonuçlanması kaçınılmazdır demiştik, öyle de oldu” dedi. Pamak, idarenin yeni bir sınavla karşı karşıya olduğuna dikkat çekerek şunları söyledi; “Şimdi idare (hükümet-Vakıflar Genel Müdürlüğü) için yeni bir tutarlılık, hukukilik ve özgürlüklerden yana olup olmama sınavı başladı. Eğer, AKP ve hükümet gerçekten insan haklarından, hukuktan, adaletten ve özgürlüklerden yana iseler, bir tahrike kapılarak bugüne kadar yanlış yaparak sürdürdükleri bu hukuksuzluğu artık terk edip, hukuka aykırı bu siyasi davayı temyize götürmeden bitirmeleri gerekir. Çünkü bugün verilen hukuka uygun objektif mahkeme kararını temyiz etmenin hiçbir hukuki mesnedi bulunmamaktadır. 1. Öncelikle Vakıflar Genel Müdürlüğü, özgürlük ve hak düşmanı kartel medyasının tahrikiyle, hukuki mesnetten yoksun bir biçimde bu davayı açmıştır. 2. Diğer taraftan, yaklaşık iki buçuk yıllık dava süreci sonunda, ortaya konan belgeler, deliller, bilirkişi heyeti raporu bu davanın hukuka aykırı olduğunu, açık bir biçimde tespit etmiştir. 3. Adalet Bakanlığı da, bu davanın mesnedi olan paneldeki konuşmaların düşünce özgürlüğü sınırlarını aşmayan eleştirilerden ibaret olduğunu yerel ve uluslar arası hukuktan delillere dayandırarak ortaya koymuştur. 4. Nihayet Mahkeme de, bu davanın haksızlığına, hukuki mesnetten yoksun olduğuna hükmederek, davanın reddine karar vermiştir. Bunca ortak tespitle hukuka ve insan haklarına aykırı bulunan bu davayı hala temyiz ederek Yargıtay’a götürmek, hukuksuzlukta ve özgürlük düşmanlığında ısrar etmekten başka bir anlam taşımayacaktır.”